El Observatorio se encuentra organizacionalmente bajo la supervisión de la Subdirección de Fortalecimiento de Organizaciones Sociales del IDPAC.
Los roles están organizados de la siguiente manera:
- Coordinación
- Equipo de producción y análisis de datos estadísticos
- Equipo de producción y análisis de datos espaciales
- Equipo de producción y análisis cualitativos y etnográficos