La desafiliación es una sanción que se impone a un afiliado o dignatario de una organización comunal por violación de las normas legales y estatutarias. Implica una separación definitiva de la organización. La impone la Comisión de Convivencia y Conciliación de las Asociación de Juntas, cuando el sancionado es un miembro de una JAC y la CCC de la Federación de Acción Comunal de Bogotá́, cuando el sancionado es un miembro de una Asociación de Juntas. Su duración es la contemplada en los estatutos de la organización, aunque, de manera general, varia de tres (3) a veinticuatro (24) meses. Una vez vencido él término, si el sancionado quiere volver a ser afiliado debe solicitarlo por escrito a la Junta Directiva de la organización, quien decide si lo acepta de nuevo como afiliado o no.